（2）新型农村合作医疗制度在资金筹集、管理和给付方面存在疏漏。首先，由于本次新型农村合作医疗制度实行“倒筹资”机制，即只有参合农民达到一定的比例并且交纳了参合费以后，各级财政才给予配套资金，因此导致了基层试点地区的“套资”与“钓鱼”行为，即为了得到中央的补助资金，基层执行部门出现了大量的垫资行为，有的地区竟然公开使用大额借贷资金等不正当手段钓取中央资金，而最终农民没有参合的但已钓取的补助金自然就挪为它用，这与试点的宗旨相违背。[3]其次，基金管理存在潜在危险，定点医疗机构合作医疗办公室经办人员有“寻租”便利。一些试点县（市）仍未严格执行“收支分离、管用分开”的基金结算办法。出现部分医院发生不合理用药，延长住院时间，克扣、拖欠补偿费用，冒名住院等问题，暴露了资金管理上确实存在漏洞。同时，由于报销人员（农民）和审核员（定点医疗机构合作医疗办公室工作人员）的信息不对称，再加上职能部门工作人员长期养成的官僚作风，办事人员可能借各种理由刁难报销农民，而处于弱者地位的农民为了尽快报销医疗费用，可能会采取送礼（金）、请吃饭等方式来换取报销。最后，在基金给付方面，如果补偿比过低，则对大多数参合农民没有吸引力，导致参合人数较少，还会造成较高的管理成本和交易费用；反过来，提高补偿比，则在基金数量有限的情况下，不可避免会降低受益面，同样会导致参合人数下降。据研究，补偿比低于20%对参保人没有刺激作用，而现实中有些地方的费用补偿比低于15%。[4]因此，要合理确定补偿比。

    （3）农村基础卫生设施落后，公共卫生体系薄弱，县、乡（镇）、村三级卫生服务资源缺乏合理有序配置，再加上基层卫生人才缺乏、水平低下，难以对新型农村合作医疗构成有效支撑和保障。税制改革后，我国各级财政实行“分灶吃饭”，卫生资源投放主要集中在城市，卫生资源分配与需求是“倒三角形”，很多地方县乡财政困难，对卫生事业重视不够，以至投入逐年减少，造成了农村卫生设施建设滞后，医疗设备陈旧，卫生技术人才匮乏，如一些贫困地区卫生站还存在着危房，设备还是“老三样”。[1](P185)这种情形再加上分布广泛的农村个体诊所的竞争，造成了乡镇卫生院和村卫生室的业务工作不饱和，设备使用效率不高，难以发挥医疗服务的能力，影响了卫生院的业务收入和自我发展，导致了队伍不稳和人才流失，长此以往形成恶性循环。另外，目前农村地区三级医疗卫生机构设置重叠，相互之间的资源往往还没有整合起来，但同时公共卫生体系却十分薄弱。如在几乎所有农村地区（包括一些贫困县）的县乡两级都设立了不同的医疗卫生服务机构，但效率却较为低下，尤其是一些防疫机构由于资金不足，甚至缺乏必要的疾病预防、检测设备。为了生存，只好靠门诊住院等有偿服务甚至以卫生监督、罚款等创收弥补资金缺口，这严重违背和扭曲了公共卫生部门的职能。虽然新型农村合作医疗的推行和国家财政加大对农村卫生的投入缓解和局部改善了上述状况，但长期积患并非一朝一夕就可解决，改善农村卫生体系落后的状况，我们仍有很长的路要走。

    （4）政策宣传力度不够，部分地区农民参合率较低，一些贫困人群被排斥在合作医疗范围之外，也享受不到医疗救助。据调查，农民参加新型农村合作医疗的比率与政府的宣传力度密切相关。如有的地方经济发展水平并不高，但由于政府重视，成立了由主管县长挂帅的新型农村合作医疗领导小组，利用各种形式和途径，大力宣传新型农村合作医疗的意义，以及详尽讲解制度的具体规定、细则和可享受的待遇，最终当地农民的参合率很高；而有些地区虽然经济发展水平较高，但由于宣传不够，农民对新型合作医疗的认识不足，因此参合率反而较低。另外，2002年国务院出台的《规定》虽然指出了对于贫困户要给予救助，但在现实执行过程中，一些地方由于县级财政吃紧，又缺乏社会募捐，所以只能使医疗救助空为纸谈、流于形式。